После того. как патриархия Иерусалима в середине VI иска окончательно приняла халкидонскос вероучение, исрусалимская Армянская церковь отделилась и на ее основе сформировалось Иерусалимское Армянское патриаршество.

Первым известным нам армянским патриархом Иерусалима был Абраам, который, согласно арабскому исрику Зекиал-Дину. видя усиление власти Мухаммеда, в 626 г. лично отправился к нему и получил грамоту на неприкосновенность Иерусалимской Армянской церкви.

Когда царь Ошин и Католикос Константин III Косараци принудили глав епархий Армянской Церкви принять решения Сисского Собора 1307 г. о принятии догматических и обрядовых изменений. Патриарх Иерусалима Саргис, желая сохранить чистоту вероучения Армянской Церкви, приобрел у султана Египта грамоту о выводе своего престола из-под власти католикосата Армении и с 1311 г. начал независимо вести свои дела. Этот факт послужил поводом для некоторых думать, что Армянская патриархия Иерусалима основана в 1311 г. Как мы уже видели, она была основана в VI веке после отделения от основанной св. Иаковом, братом Господним, патриархии вследствие возникшего богословского противоборства с халкидонитами.

Патриарх Иерусалима является хранителем армянских привилегий в Святых Местах.
Сегодня в юрисдикцию патриархии Иерусалима входят армянские церкви Израиля и Иордании.